Detailed information of deep learning profile BP001237.1

  1. Home
  2. Deep Learning Profile > BP001237.1
This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF12 in K562 using a single trained BPNet model. Please scroll down the page to browse other models for this transcription factor.

Model details

Name: ZNF12
Model ID: BP001237.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0161.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P17014  
Source: ENCSR041YBR
Model: BPNet
Download trained model
Download TF-MoDISco Report

Sequence logo

 

Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.03 -0.00 0.02 0.00 -0.00 0.05 0.00 -0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.01 0.00 ]
C [ 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.02 0.00 -0.00 0.09 -0.00 0.00 0.08 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.07 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.07 -0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 ]
T [ 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 -0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 656 639 467 484 391 555 452 543 613 816 435 279 258 372 467 269 320 332 238 454 499 44 62 83 77 21 43 1382 107 1072 135 72 1608 101 57 915 516 855 962 469 226 492 875 744 221 251 618 1109 339 731 ]
C [ 390 545 617 673 728 449 595 546 489 333 275 347 494 274 173 157 182 367 558 250 240 359 145 291 267 45 382 95 1059 160 27 1768 86 105 1790 361 365 349 341 739 797 294 251 358 1239 662 396 280 332 636 ]
G [ 521 399 491 323 287 387 503 425 508 388 599 349 335 470 1000 1050 1108 854 248 192 558 148 77 60 1531 44 19 128 82 125 1676 26 124 1578 32 181 448 448 358 484 412 335 551 568 175 203 314 263 388 255 ]
T [ 376 360 368 463 537 552 393 429 333 406 634 968 856 827 303 467 333 390 899 1047 646 1392 1659 1509 68 1833 1499 338 695 586 105 77 125 159 64 486 614 291 282 251 508 822 266 273 308 827 615 291 884 321 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.02 -0.02 0.01 -0.04 -0.02 -0.02 -0.02 -0.05 -0.04 0.04 -0.03 0.03 0.00 -0.02 0.05 -0.01 -0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 -0.03 -0.01 0.02 0.01 -0.01 -0.01 -0.00 0.01 -0.00 ]
C [ 0.01 0.02 0.00 -0.01 0.02 -0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 -0.04 0.05 -0.00 -0.04 0.09 -0.04 -0.01 0.09 -0.02 -0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 -0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 -0.04 0.08 -0.01 -0.06 0.02 -0.02 -0.02 0.08 -0.05 0.02 0.06 -0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 -0.01 0.00 0.00 0.00 -0.00 ]
T [ -0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 -0.05 0.07 0.06 -0.00 0.03 0.01 -0.01 0.00 -0.02 -0.01 -0.02 -0.00 0.01 -0.02 -0.01 -0.02 -0.00 0.02 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 0.00 -0.01 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 103

CWM

PFM

     

HCWM

1 profiles found for the same TF (ZNF12) in other cell types/tissues

Display profiles


Model ID Name Data Source Cell line/tissue Species JASPAR ID Sequence logo
BP001238.1 ZNF12 ENCSR711KBM HepG2 Homo sapiens UN0161.2
Showing 1 profiles of page 1 from 1 pages
  • 1 (current)