Detailed information of deep learning profile BP001213.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF146 in K562 using a single trained BPNet model. Please scroll down the page to browse other models for this transcription factor.

Model details

Name: ZNF146
Model ID: BP001213.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0316.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q15072  
Source: ENCSR713IFY
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.06 0.03 -0.00 0.12 -0.00 -0.00 0.11 -0.00 0.01 -0.00 0.04 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 -0.00 -0.02 0.06 0.07 0.03 0.07 0.03 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.04 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.09 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.07 0.08 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.02 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 0.02 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.09 -0.00 0.00 0.10 -0.00 0.05 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 749 11567 828 11832 702 10675 565 12332 589 12299 621 3101 12154 285 501 420 13719 12905 70 13764 72 73 13828 20 1674 87 13494 213 47 971 12295 147 10481 13618 13705 13367 13810 10165 664 7306 12395 1386 3063 11423 3976 5056 883 2260 8858 1111 ]
C [ 6287 782 9604 487 939 1472 2750 390 9807 369 11798 9471 206 622 26 23 57 165 248 23 11436 189 24 2104 44 13226 14 192 13191 12428 325 477 359 67 70 174 23 79 126 179 242 1682 353 381 695 999 1276 8821 2335 1299 ]
G [ 713 837 415 909 542 774 337 697 314 752 350 492 1366 247 13319 13438 89 801 26 96 379 70 40 116 9636 59 229 13416 93 80 629 240 2528 135 61 316 46 3287 11476 6283 592 1421 9642 1375 8386 1386 556 876 896 1068 ]
T [ 6150 713 3052 671 11716 978 10247 480 3189 479 1130 835 173 12745 53 18 34 28 13555 16 2012 13567 7 11659 2545 527 162 78 568 420 650 13035 531 79 63 42 20 368 1633 131 670 9410 841 720 842 6458 11184 1942 1810 10421 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 -0.00 -0.01 0.06 0.04 -0.04 0.12 -0.04 -0.03 0.11 -0.06 0.07 -0.01 0.04 -0.00 -0.06 0.01 0.02 0.00 -0.02 0.07 0.07 0.03 0.07 0.04 -0.04 -0.00 0.01 -0.01 0.00 -0.00 ]
C [ 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 -0.05 0.05 -0.00 -0.04 0.09 -0.05 0.10 0.00 0.05 0.09 0.06 0.05 0.03 0.05 -0.01 -0.00 0.03 -0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 ]
G [ 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 -0.05 0.05 -0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.05 -0.02 0.02 0.08 0.04 0.05 0.06 0.02 0.13 -0.02 -0.01 0.04 -0.02 0.03 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 ]
T [ 0.01 0.00 0.00 -0.01 -0.02 0.02 -0.01 -0.00 -0.00 -0.04 0.09 -0.07 0.04 0.10 -0.06 0.07 -0.01 0.03 0.01 -0.01 0.05 -0.01 -0.04 0.03 -0.04 -0.01 -0.03 -0.04 -0.01 -0.03 0.02 -0.01 -0.01 0.00 -0.00 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 87

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.neg_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 34

CWM

PFM

     

HCWM

2 profiles found for the same TF (ZNF146) in other cell types/tissues

Display profiles


Model ID Name Data Source Cell line/tissue Species JASPAR ID Sequence logo
BP001212.1 ZNF146 ENCSR689YFA HEK293 Homo sapiens UN0316.1
BP001214.1 ZNF146 ENCSR957LTN HepG2 Homo sapiens UN0316.1
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