Detailed information of deep learning profile BP000037.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for CTCF in H1 using a single trained BPNet model. Please scroll down the page to browse other models for this transcription factor.

Model details

Name: CTCF
Model ID: BP000037.1
Cell line/tissue: H1
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA0139.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P49711  
Source: ENCSR000DLK
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 -0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.10 0.16 0.06 0.09 0.17 0.00 -0.00 0.02 0.01 -0.00 -0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.05 0.00 0.16 0.10 -0.00 0.01 0.02 0.01 ]
T [ -0.00 -0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 0.00 -0.00 0.04 -0.01 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 3448 3265 3416 3692 3549 3476 3452 3603 3245 3717 3463 2938 3105 2762 4422 4860 2193 5699 1931 1234 1564 1213 426 4229 306 212 1443 5041 664 3187 343 1006 2745 3638 5044 3643 4232 3690 3442 3474 3607 3536 4151 5745 4400 3029 3347 3068 4090 4088 ]
C [ 4418 4515 4481 4070 4092 4414 4379 4355 4193 3418 3257 4424 4398 6293 3688 4399 4730 2199 4277 7659 1243 11915 14409 9005 10620 14982 2116 1722 5758 2190 558 1508 6839 5124 2720 3944 3523 3924 3984 3626 3140 2863 3875 3919 4035 3920 3262 5526 5467 4328 ]
G [ 4156 4180 4116 4125 4123 3881 4007 4267 3971 4742 5611 4793 4307 3358 3511 3696 3813 5143 7689 1724 9693 1665 300 610 154 90 451 6295 7700 1476 13696 11427 2068 3544 5435 4667 4132 4489 4536 4943 5746 6439 4086 3061 3513 3853 5068 4290 2992 3810 ]
T [ 3563 3625 3572 3698 3821 3814 3747 3360 4176 3708 3254 3430 3775 3172 3964 2630 4849 2544 1688 4968 3085 792 450 1741 4505 301 11575 2527 1463 8732 988 1644 3933 3279 2386 3331 3698 3482 3623 3542 3092 2747 3473 2860 3637 4783 3908 2701 3036 3359 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 0.00 -0.05 0.01 -0.03 -0.07 -0.04 -0.01 -0.05 -0.00 -0.07 -0.06 -0.03 0.03 -0.07 -0.04 -0.10 -0.06 -0.03 -0.02 0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 0.01 -0.01 -0.03 -0.02 -0.02 -0.01 -0.01 ]
C [ 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.13 -0.00 0.12 0.17 0.11 0.13 0.18 0.05 -0.00 0.06 0.08 -0.02 -0.02 0.07 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 ]
G [ 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.07 0.00 0.12 -0.00 -0.02 0.01 -0.04 -0.01 0.00 0.07 0.11 -0.00 0.17 0.12 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 ]
T [ -0.02 -0.01 -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.02 -0.01 -0.03 0.01 -0.03 -0.03 0.00 -0.03 -0.07 -0.08 -0.07 0.01 -0.06 0.06 -0.03 -0.03 0.02 -0.04 -0.03 0.00 -0.03 -0.04 -0.02 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.03 -0.03 -0.01 -0.03 -0.01 -0.00 -0.02 -0.03 -0.03 -0.02 ]

447 profiles found for the same TF (CTCF) in other cell types/tissues

Display profiles


Model ID Name Data Source Cell line/tissue Species JASPAR ID Sequence logo
BP000001.1 CTCF ENCSR000AHD MCF-7 Homo sapiens MA0139.2
BP000002.1 CTCF ENCSR000AKB GM12878 Homo sapiens MA0139.2
BP000003.1 CTCF ENCSR000AKO K562 Homo sapiens MA0139.2
BP000004.1 CTCF ENCSR000ALA endothelial cell of umbilical vein Homo sapiens MA0139.2
BP000005.1 CTCF ENCSR000ALJ keratinocyte Homo sapiens MA0139.2
BP000006.1 CTCF ENCSR000ALV mammary epithelial cell Homo sapiens MA0139.2
BP000007.1 CTCF ENCSR000AMA HepG2 Homo sapiens MA0139.2
BP000008.1 CTCF ENCSR000AMF H1 Homo sapiens MA0139.2
BP000009.1 CTCF ENCSR000ANE skeletal muscle myoblast Homo sapiens MA0139.2
BP000010.1 CTCF ENCSR000ANO fibroblast of lung Homo sapiens MA0139.2
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