Detailed information of deep learning profile BP000037.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for CTCF in H1 using a single trained BPNet model. Please scroll down the page to browse other models for this transcription factor.

Model details

Name: CTCF
Model ID: BP000037.1
Cell line/tissue: H1
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA0139.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P49711  
Source: ENCSR000DLK
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.01 0.04 -0.00 0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.01 -0.00 ]
C [ 0.01 0.02 0.01 -0.00 0.10 0.16 0.00 0.05 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.00 0.02 0.03 -0.00 -0.00 0.01 0.02 -0.00 0.00 0.17 0.09 0.06 0.16 0.10 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 ]
T [ -0.00 0.00 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.01 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 3359 3036 2701 3908 4783 3637 2860 3473 2747 3092 3542 3623 3482 3698 3331 2386 3279 3933 1644 988 8732 1463 2527 11575 301 4505 1741 450 792 3085 4968 1688 2544 4849 2630 3964 3172 3775 3430 3254 3708 4176 3360 3747 3814 3821 3698 3572 3625 3563 ]
C [ 3810 2992 4290 5068 3853 3513 3061 4086 6439 5746 4943 4536 4489 4132 4667 5435 3544 2068 11427 13696 1476 7700 6295 451 90 154 610 300 1665 9693 1724 7689 5143 3813 3696 3511 3358 4307 4793 5611 4742 3971 4267 4007 3881 4123 4125 4116 4180 4156 ]
G [ 4328 5467 5526 3262 3920 4035 3919 3875 2863 3140 3626 3984 3924 3523 3944 2720 5124 6839 1508 558 2190 5758 1722 2116 14982 10620 9005 14409 11915 1243 7659 4277 2199 4730 4399 3688 6293 4398 4424 3257 3418 4193 4355 4379 4414 4092 4070 4481 4515 4418 ]
T [ 4088 4090 3068 3347 3029 4400 5745 4151 3536 3607 3474 3442 3690 4232 3643 5044 3638 2745 1006 343 3187 664 5041 1443 212 306 4229 426 1213 1564 1234 1931 5699 2193 4860 4422 2762 3105 2938 3463 3717 3245 3603 3452 3476 3549 3692 3416 3265 3448 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.02 -0.03 -0.03 -0.02 -0.00 -0.01 -0.03 -0.01 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 -0.02 -0.04 -0.03 0.00 -0.03 -0.04 0.02 -0.03 -0.03 0.06 -0.06 0.01 -0.07 -0.08 -0.07 -0.03 0.00 -0.03 -0.03 0.01 -0.03 -0.01 -0.02 -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.01 -0.02 ]
C [ 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05 0.00 0.12 0.17 -0.00 0.11 0.07 0.00 -0.01 -0.04 0.01 -0.02 -0.00 0.12 0.00 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 ]
G [ 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.07 -0.02 -0.02 0.08 0.06 -0.00 0.05 0.18 0.13 0.11 0.17 0.12 -0.00 0.13 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 ]
T [ -0.01 -0.01 -0.02 -0.02 -0.03 -0.01 0.01 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 -0.01 -0.01 0.00 -0.02 -0.03 -0.06 -0.10 -0.04 -0.07 0.03 -0.03 -0.06 -0.07 -0.00 -0.05 -0.01 -0.04 -0.07 -0.03 0.01 -0.05 0.00 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 ]

447 profiles found for the same TF (CTCF) in other cell types/tissues

Display profiles


Model ID Name Data Source Cell line/tissue Species JASPAR ID Sequence logo
BP000031.1 CTCF ENCSR000DKP GM10248 Homo sapiens MA0139.2
BP000032.1 CTCF ENCSR000DKR GM10266 Homo sapiens MA0139.2
BP000033.1 CTCF ENCSR000DKV GM12878 Homo sapiens MA0139.2
BP000034.1 CTCF ENCSR000DKZ GM13976 Homo sapiens MA0139.2
BP000035.1 CTCF ENCSR000DLB GM13977 Homo sapiens MA0139.2
BP000036.1 CTCF ENCSR000DLG GM20000 Homo sapiens MA0139.2
BP000038.1 CTCF ENCSR000DLO HeLa-S3 Homo sapiens MA0139.2
BP000039.1 CTCF ENCSR000DLS HepG2 Homo sapiens MA0139.2
BP000040.1 CTCF ENCSR000DLW endothelial cell of umbilical vein Homo sapiens MA0139.2
BP000041.1 CTCF ENCSR000DMA K562 Homo sapiens MA0139.2
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