Detailed information of deep learning profile BP001391.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF140 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF140
Model ID: BP001391.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA1589.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P52738  
Source: ENCSR464KFG
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.04 0.06 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.07 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 -0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.04 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.04 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.08 0.10 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.04 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 488 1072 536 1050 694 429 392 1063 449 313 1053 332 1112 371 429 1230 292 269 249 1569 295 30 1919 2069 2 4 46 137 1101 40 15 4 448 242 1143 420 455 367 1157 344 925 369 1063 306 334 392 1122 1139 814 1133 ]
C [ 578 381 455 368 485 471 416 380 993 1150 541 497 313 397 317 311 1104 1272 1287 100 82 2112 100 31 26 5 2121 1567 72 2100 133 2200 1397 413 331 412 404 426 326 385 441 479 495 1301 1268 1228 453 333 367 351 ]
G [ 275 371 746 371 601 302 245 343 272 254 292 252 388 332 1091 344 250 230 204 182 1749 28 50 105 13 3 6 6 1022 15 48 2 52 201 310 1053 955 300 366 293 368 298 366 195 238 229 278 368 680 400 ]
T [ 876 393 480 428 437 1015 1164 431 503 500 331 1136 404 1117 380 332 571 446 477 366 91 47 148 12 2176 2205 44 507 22 62 2021 11 320 1361 433 332 403 1124 368 1195 483 1071 293 415 377 368 364 377 356 333 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.03 -0.01 0.04 0.06 -0.03 -0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 -0.04 -0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.01 0.00 -0.02 0.08 -0.02 -0.01 -0.00 -0.05 0.06 0.07 -0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.03 ]
G [ 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 -0.02 -0.00 0.01 -0.01 -0.02 -0.03 -0.03 0.10 -0.01 0.02 -0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 ]
T [ 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.01 0.01 0.01 -0.04 0.08 0.10 -0.02 0.01 -0.04 -0.01 0.05 0.00 -0.01 0.01 0.01 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 600

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 499

CWM

PFM

     

HCWM