Detailed information of deep learning profile BP001391.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF140 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF140
Model ID: BP001391.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA1589.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P52738  
Source: ENCSR464KFG
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.04 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.10 0.08 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.04 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.04 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.07 -0.00 0.05 0.06 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.07 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.06 0.04 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 333 356 377 364 368 377 415 293 1071 483 1195 368 1124 403 332 433 1361 320 11 2021 62 22 507 44 2205 2176 12 148 47 91 366 477 446 571 332 380 1117 404 1136 331 500 503 431 1164 1015 437 428 480 393 876 ]
C [ 400 680 368 278 229 238 195 366 298 368 293 366 300 955 1053 310 201 52 2 48 15 1022 6 6 3 13 105 50 28 1749 182 204 230 250 344 1091 332 388 252 292 254 272 343 245 302 601 371 746 371 275 ]
G [ 351 367 333 453 1228 1268 1301 495 479 441 385 326 426 404 412 331 413 1397 2200 133 2100 72 1567 2121 5 26 31 100 2112 82 100 1287 1272 1104 311 317 397 313 497 541 1150 993 380 416 471 485 368 455 381 578 ]
T [ 1133 814 1139 1122 392 334 306 1063 369 925 344 1157 367 455 420 1143 242 448 4 15 40 1101 137 46 4 2 2069 1919 30 295 1569 249 269 292 1230 429 371 1112 332 1053 313 449 1063 392 429 694 1050 536 1072 488 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 0.01 0.01 -0.01 0.00 0.05 -0.01 -0.04 0.01 -0.02 0.10 0.08 -0.04 0.01 0.01 -0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 ]
C [ 0.00 0.01 0.01 0.01 -0.03 0.02 -0.01 0.10 -0.03 -0.03 -0.02 -0.01 0.01 -0.00 -0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 ]
G [ 0.03 0.02 0.02 0.02 0.10 0.02 0.07 -0.02 0.07 0.06 -0.05 -0.00 -0.01 -0.02 0.08 -0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 ]
T [ 0.00 0.00 0.00 0.02 -0.02 -0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 -0.01 -0.03 0.06 0.04 -0.01 0.03 0.01 -0.00 0.01 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 600

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 499

CWM

PFM

     

HCWM