Detailed information of deep learning profile BP001384.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZBED1 in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZBED1
Model ID: BP001384.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: BED zinc finger factors
JASPAR ID: MA0749.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: O96006  
Source: ENCSR286PCG
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.03 -0.00 0.02 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 0.00 0.02 -0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 0.03 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 123 114 123 108 124 111 104 109 123 123 117 112 150 113 132 99 99 95 103 129 135 68 309 9 13 157 6 58 462 55 228 82 126 125 107 131 128 94 131 118 103 133 138 99 112 113 119 115 153 106 ]
C [ 162 145 147 149 178 150 161 161 158 138 147 139 134 138 132 156 139 125 199 175 189 19 5 11 502 22 390 4 42 320 84 139 116 138 213 170 134 163 143 132 186 145 125 145 157 169 169 154 133 142 ]
G [ 147 159 159 170 130 161 160 138 139 165 156 181 152 152 163 163 163 177 129 139 88 59 228 3 8 340 34 477 22 66 89 198 166 197 159 143 172 153 123 159 161 150 165 185 156 139 140 163 122 176 ]
T [ 115 129 118 120 115 125 122 139 127 121 127 115 111 144 120 129 146 150 116 104 135 401 5 524 24 28 117 8 21 106 146 128 139 87 68 103 113 137 150 138 97 119 119 118 122 126 119 115 139 123 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.02 -0.01 -0.01 0.00 -0.01 0.00 0.02 -0.01 0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.01 -0.02 -0.01 0.03 -0.02 0.02 -0.01 -0.00 0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.01 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.01 -0.02 0.02 -0.01 0.02 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.01 0.03 -0.00 -0.01 0.00 -0.01 -0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 1779

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 807

CWM

PFM

     

HCWM