Detailed information of deep learning profile BP001372.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF565 in SK-N-SH using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF565
Model ID: BP001372.1
Cell line/tissue: SK-N-SH
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0204.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q8N9K5  
Source: ENCSR754ALX
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 0.00 -0.00 0.02 0.02 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 -0.00 0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.02 0.03 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.03 0.01 0.02 -0.00 0.00 -0.00 0.01 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 -0.00 0.03 0.03 0.00 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 0.01 0.02 -0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 78 58 51 75 63 151 171 49 47 77 169 34 26 59 87 9 1 300 1 46 19 11 31 15 81 285 7 13 272 250 36 8 26 20 248 221 39 38 127 112 25 98 49 57 102 106 48 126 121 80 ]
C [ 102 72 47 46 56 76 72 117 137 142 14 23 252 135 12 290 311 9 5 35 113 12 8 15 27 8 1 6 13 26 6 285 197 263 10 29 33 190 91 47 214 134 127 65 40 38 27 35 38 43 ]
G [ 74 71 74 157 160 40 34 77 80 49 108 244 18 26 197 6 3 1 3 216 11 12 258 57 201 15 305 293 25 15 271 6 6 20 20 47 205 35 38 133 35 39 26 108 125 87 209 129 137 166 ]
T [ 64 117 146 40 39 51 41 75 54 50 27 17 22 98 22 13 3 8 309 21 175 283 21 231 9 10 5 6 8 27 5 19 89 15 40 21 41 55 62 26 44 47 116 88 51 87 34 28 22 29 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 0.02 -0.02 -0.00 -0.02 -0.02 -0.01 -0.01 0.01 0.02 -0.02 -0.02 0.02 0.02 -0.00 -0.02 -0.01 -0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.01 0.02 0.01 -0.02 0.02 0.03 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 -0.00 -0.02 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 -0.02 0.03 0.01 0.02 -0.01 0.00 -0.01 0.01 0.00 -0.01 0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
G [ 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.01 -0.00 0.02 -0.02 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 -0.02 -0.01 0.03 -0.00 0.01 -0.02 0.03 0.03 0.00 -0.02 0.03 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 0.01 -0.01 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 0.03 -0.01 0.02 0.02 -0.00 0.01 -0.01 -0.01 0.00 -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 126

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 81

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 74

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_8

Num. of seqlets: 65

CWM

PFM

     

HCWM