Detailed information of deep learning profile BP001372.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF565 in SK-N-SH using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF565
Model ID: BP001372.1
Cell line/tissue: SK-N-SH
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0204.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q8N9K5  
Source: ENCSR754ALX
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.02 0.01 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 0.00 0.03 0.03 -0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.02 0.01 0.03 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.03 0.02 -0.00 0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ 0.00 -0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 0.02 -0.00 0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 29 22 28 34 87 51 88 116 47 44 26 62 55 41 21 40 15 89 19 5 27 8 6 5 10 9 231 21 283 175 21 309 8 3 13 22 98 22 17 27 50 54 75 41 51 39 40 146 117 64 ]
C [ 166 137 129 209 87 125 108 26 39 35 133 38 35 205 47 20 20 6 6 271 15 25 293 305 15 201 57 258 12 11 216 3 1 3 6 197 26 18 244 108 49 80 77 34 40 160 157 74 71 74 ]
G [ 43 38 35 27 38 40 65 127 134 214 47 91 190 33 29 10 263 197 285 6 26 13 6 1 8 27 15 8 12 113 35 5 9 311 290 12 135 252 23 14 142 137 117 72 76 56 46 47 72 102 ]
T [ 80 121 126 48 106 102 57 49 98 25 112 127 38 39 221 248 20 26 8 36 250 272 13 7 285 81 15 31 11 19 46 1 300 1 9 87 59 26 34 169 77 47 49 171 151 63 75 51 58 78 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 0.00 -0.01 -0.01 0.01 -0.00 0.02 0.02 -0.01 0.03 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.01 0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 0.03 -0.02 0.00 0.03 0.03 -0.02 0.01 -0.00 0.03 -0.01 -0.02 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.02 0.02 -0.00 -0.01 0.02 0.00 -0.00 0.00 0.00 ]
G [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.01 0.00 0.01 -0.01 0.00 -0.01 0.02 0.01 0.03 -0.02 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.02 -0.00 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 0.03 0.02 -0.02 0.01 0.02 -0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.01 -0.02 -0.00 0.02 0.02 -0.02 -0.02 0.02 0.01 -0.01 -0.01 -0.02 -0.02 -0.00 -0.02 0.02 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 126

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 81

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 74

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_8

Num. of seqlets: 65

CWM

PFM

     

HCWM