Detailed information of deep learning profile BP001369.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF460 in HepG2 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF460
Model ID: BP001369.1
Cell line/tissue: HepG2
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA1596.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q14592  
Source: ENCSR261UIH
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.07 0.04 0.00 0.02 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 23 179 55 1003 153 5069 127 3934 25 52 39 137 30 8429 5709 49 101 119 49 8694 171 45 3083 5573 49 88 186 5 154 13 8893 76 11 43 171 1451 8575 605 598 222 5244 550 794 5588 1131 4727 8130 237 355 3975 ]
C [ 6 29 6375 45 5517 173 6922 149 8837 8672 105 30 254 73 62 184 8364 8319 8248 46 39 8527 96 3036 5607 248 2473 0 3 4 7 7 11 8734 2434 125 57 139 130 6385 166 280 153 1682 168 129 151 497 5484 503 ]
G [ 8878 8707 98 4782 2215 3620 122 4766 23 19 29 8711 32 367 3091 32 84 70 25 100 8708 64 69 250 61 88 158 8926 8768 8913 22 8843 8898 76 89 7254 225 8104 8067 241 3330 7864 7878 481 7390 3882 392 166 1356 4070 ]
T [ 27 19 2406 3104 1049 72 1763 85 49 191 8761 56 8618 65 72 8669 385 426 612 94 16 298 5686 75 3217 8510 6117 3 9 4 12 8 14 81 6240 104 77 86 139 2086 194 240 109 1183 245 196 261 8034 1739 386 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.02 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 -0.00 0.00 -0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.01 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.01 0.02 -0.01 -0.01 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.03 -0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 ]
G [ 0.07 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 -0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 ]
T [ -0.01 -0.01 0.01 0.00 0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.01 -0.01 -0.00 -0.00 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 11187

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1582

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 610

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_5

Num. of seqlets: 152

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_7

Num. of seqlets: 137

CWM

PFM

     

HCWM