Detailed information of deep learning profile BP001363.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for GLIS2 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: GLIS2
Model ID: BP001363.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA0736.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q9BZE0  
Source: ENCSR535DIA
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ -0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 3198 3171 3231 3051 3172 3250 3116 3227 3182 3006 3009 2891 2895 2982 2969 2687 2844 3020 3211 3054 2212 2909 2004 1831 1658 1369 4673 288 2 2417 182 723 832 2356 2753 2626 2728 2784 2777 2855 3022 3004 3078 2814 3010 2938 2914 2978 3144 3166 ]
C [ 5757 5839 5741 5957 5858 5699 5797 5592 5734 5925 6065 6183 6142 5817 5521 5342 5364 5481 4818 5089 9188 6049 9773 8492 6909 10045 1386 58 1 26 8 40 8588 8315 5679 6530 6130 6714 6780 5957 5707 5915 5795 6045 5988 6120 6098 6039 5759 5698 ]
G [ 6212 6232 6161 6197 6163 6310 6470 6522 6271 6287 6127 6066 6390 6491 6649 7387 7276 7097 7634 7496 5459 5568 3575 3772 8728 3060 7881 16863 18287 15157 18061 17104 2941 6170 7090 6276 6573 6185 5886 6660 6859 6794 6675 6593 6309 6361 6368 6255 6395 6491 ]
T [ 3130 3055 3164 3092 3104 3038 2914 2956 3110 3079 3096 3157 2870 3007 3158 2881 2813 2699 2634 2658 1438 3771 2945 4202 1002 3823 4357 1088 7 697 46 430 5936 1456 2775 2865 2866 2614 2854 2825 2709 2584 2749 2845 2990 2878 2917 3025 2999 2942 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.02 -0.01 -0.01 -0.01 -0.02 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.01 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]
T [ -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1774

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 92

CWM

PFM

     

HCWM