Detailed information of deep learning profile BP001363.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for GLIS2 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: GLIS2
Model ID: BP001363.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA0736.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q9BZE0  
Source: ENCSR535DIA
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 -0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 2942 2999 3025 2917 2878 2990 2845 2749 2584 2709 2825 2854 2614 2866 2865 2775 1456 5936 430 46 697 7 1088 4357 3823 1002 4202 2945 3771 1438 2658 2634 2699 2813 2881 3158 3007 2870 3157 3096 3079 3110 2956 2914 3038 3104 3092 3164 3055 3130 ]
C [ 6491 6395 6255 6368 6361 6309 6593 6675 6794 6859 6660 5886 6185 6573 6276 7090 6170 2941 17104 18061 15157 18287 16863 7881 3060 8728 3772 3575 5568 5459 7496 7634 7097 7276 7387 6649 6491 6390 6066 6127 6287 6271 6522 6470 6310 6163 6197 6161 6232 6212 ]
G [ 5698 5759 6039 6098 6120 5988 6045 5795 5915 5707 5957 6780 6714 6130 6530 5679 8315 8588 40 8 26 1 58 1386 10045 6909 8492 9773 6049 9188 5089 4818 5481 5364 5342 5521 5817 6142 6183 6065 5925 5734 5592 5797 5699 5858 5957 5741 5839 5757 ]
T [ 3166 3144 2978 2914 2938 3010 2814 3078 3004 3022 2855 2777 2784 2728 2626 2753 2356 832 723 182 2417 2 288 4673 1369 1658 1831 2004 2909 2212 3054 3211 3020 2844 2687 2969 2982 2895 2891 3009 3006 3182 3227 3116 3250 3172 3051 3231 3171 3198 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.01 ]
C [ -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 -0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.02 -0.01 -0.01 -0.01 -0.02 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1774

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 92

CWM

PFM

     

HCWM