Detailed information of deep learning profile BP001357.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF79 in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF79
Model ID: BP001357.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0661.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q15937  
Source: ENCSR995FUM
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 -0.00 0.01 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 -0.00 0.02 0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.03 0.03 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 0.00 ]
C [ -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.02 -0.00 0.01 -0.00 0.02 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 208 218 201 180 219 221 216 201 217 171 215 178 324 155 180 127 385 439 419 116 474 577 367 223 114 547 435 58 197 167 59 75 613 609 49 173 185 79 233 300 488 314 222 167 197 167 226 189 217 181 ]
C [ 131 113 146 158 124 124 94 111 129 154 124 160 91 95 236 297 87 38 40 128 28 20 70 30 82 47 132 52 236 79 456 19 25 21 162 114 77 182 67 69 44 101 104 151 127 171 111 120 130 155 ]
G [ 143 143 128 124 159 156 143 185 139 108 125 99 87 299 94 79 88 94 81 352 136 31 198 82 257 39 73 52 140 40 123 121 11 10 282 147 283 120 210 169 64 133 80 138 123 142 141 182 190 144 ]
T [ 176 184 183 196 156 157 205 161 173 225 194 221 156 109 148 155 98 87 118 62 20 30 23 323 205 25 18 496 85 372 20 443 9 18 165 224 113 277 148 120 62 110 252 202 211 178 180 167 121 178 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.01 0.01 0.01 -0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 -0.01 0.03 0.02 -0.01 0.01 0.00 -0.01 -0.01 0.03 0.03 -0.02 -0.00 0.00 -0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 -0.00 0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.01 -0.01 0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.02 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.01 -0.00 0.03 -0.02 -0.01 -0.00 0.01 0.00 -0.01 0.01 -0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]
G [ 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.01 0.01 0.01 -0.01 0.01 0.00 0.01 -0.01 0.00 -0.01 0.00 -0.01 0.01 0.01 -0.02 -0.02 0.02 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.00 -0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.02 0.01 0.01 -0.01 -0.03 0.02 -0.01 0.02 -0.02 0.02 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 1583

CWM

PFM

     

HCWM