Detailed information of deep learning profile BP001354.1

  1. Home
  2. Deep Learning Profile > BP001354.1
This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF490 in HepG2 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF490
Model ID: BP001354.1
Cell line/tissue: HepG2
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0197.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q9ULM2  
Source: ENCSR542PZA
Model: BPNet
Download trained model
Download TF-MoDISco Report

Sequence logo

 

Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.00 0.01 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 -0.00 -0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 ]
G [ 0.00 0.00 0.03 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.08 -0.00 0.00 0.13 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.06 0.00 0.08 -0.00 0.01 0.07 -0.00 0.01 0.01 0.02 -0.02 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 828 649 375 221 847 723 182 937 182 75 97 855 565 90 173 528 12 568 20 11 0 13 2 24 157 53 451 43 988 905 75 973 357 931 79 271 169 851 123 128 126 201 829 163 530 167 359 160 835 747 ]
C [ 126 150 267 701 129 178 148 59 784 921 898 124 149 346 37 33 65 293 10 11 991 12 1 619 762 41 105 1131 130 67 66 61 84 145 952 537 735 104 423 600 147 691 152 684 327 208 160 473 131 107 ]
G [ 137 262 311 140 142 132 827 179 100 59 67 106 182 170 690 559 71 198 3 1186 2 4 1238 39 31 113 123 24 54 185 1012 127 721 82 114 85 115 157 141 131 117 127 115 175 220 149 542 143 157 236 ]
T [ 154 184 292 183 127 212 88 70 179 190 183 160 349 639 345 125 1097 186 1212 37 252 1216 4 563 295 1038 566 47 73 88 92 84 83 87 100 352 226 133 558 386 855 226 149 223 168 721 184 469 122 155 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.01 0.00 0.00 -0.01 -0.00 0.01 -0.04 0.00 -0.02 -0.01 -0.06 -0.04 -0.03 -0.02 -0.02 0.00 0.02 -0.01 0.01 0.01 -0.01 0.01 0.01 0.01 -0.00 ]
C [ 0.02 0.00 0.01 0.02 -0.02 -0.03 0.02 0.00 0.02 -0.00 0.10 0.03 -0.01 0.07 0.02 -0.02 0.01 0.09 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 ]
G [ 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 -0.04 0.09 -0.01 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.04 -0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 ]
T [ 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.06 0.03 0.08 -0.00 0.06 0.07 -0.02 0.02 0.05 0.02 -0.02 -0.01 -0.02 -0.04 -0.01 -0.01 -0.01 -0.02 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 565

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 260

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 106

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_7

Num. of seqlets: 25

CWM

PFM

     

HCWM