Detailed information of deep learning profile BP001354.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF490 in HepG2 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF490
Model ID: BP001354.1
Cell line/tissue: HepG2
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0197.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q9ULM2  
Source: ENCSR542PZA
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.02 0.02 0.01 0.01 -0.00 0.07 0.01 -0.00 0.08 0.00 0.06 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.13 0.00 -0.00 0.08 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 ]
G [ 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 -0.00 -0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 0.01 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 155 122 469 184 721 168 223 149 226 855 386 558 133 226 352 100 87 83 84 92 88 73 47 566 1038 295 563 4 1216 252 37 1212 186 1097 125 345 639 349 160 183 190 179 70 88 212 127 183 292 184 154 ]
C [ 236 157 143 542 149 220 175 115 127 117 131 141 157 115 85 114 82 721 127 1012 185 54 24 123 113 31 39 1238 4 2 1186 3 198 71 559 690 170 182 106 67 59 100 179 827 132 142 140 311 262 137 ]
G [ 107 131 473 160 208 327 684 152 691 147 600 423 104 735 537 952 145 84 61 66 67 130 1131 105 41 762 619 1 12 991 11 10 293 65 33 37 346 149 124 898 921 784 59 148 178 129 701 267 150 126 ]
T [ 747 835 160 359 167 530 163 829 201 126 128 123 851 169 271 79 931 357 973 75 905 988 43 451 53 157 24 2 13 0 11 20 568 12 528 173 90 565 855 97 75 182 937 182 723 847 221 375 649 828 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.02 -0.01 -0.01 -0.01 -0.04 -0.02 -0.01 -0.02 0.02 0.05 0.02 -0.02 0.07 0.06 -0.00 0.08 0.03 0.06 -0.00 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 -0.01 0.04 0.05 0.00 0.00 0.13 0.01 -0.01 0.09 -0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 ]
G [ 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.01 -0.02 0.02 0.07 -0.01 0.03 0.10 -0.00 0.02 0.00 0.02 -0.03 -0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 ]
T [ -0.00 0.01 0.01 0.01 -0.01 0.01 0.01 -0.01 0.02 0.00 -0.02 -0.02 -0.03 -0.04 -0.06 -0.01 -0.02 0.00 -0.04 0.01 -0.00 -0.01 0.00 0.00 -0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 565

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 260

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 106

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_7

Num. of seqlets: 25

CWM

PFM

     

HCWM