Detailed information of deep learning profile BP001337.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZKSCAN3 in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZKSCAN3
Model ID: BP001337.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA1973.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q9BRR0  
Source: ENCSR199HGP
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]
G [ 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 164 113 140 170 154 144 130 144 142 146 123 135 161 169 154 215 134 29 73 22 64 13 594 88 5 8 13 158 121 111 174 174 190 98 158 121 130 132 131 134 146 114 143 158 148 161 150 147 148 138 ]
C [ 173 169 181 185 188 189 187 189 183 145 194 182 137 156 137 157 48 4 2 47 484 29 3 11 603 527 118 141 88 64 275 274 226 249 147 184 202 158 166 185 151 163 162 140 163 135 155 141 161 162 ]
G [ 151 160 169 151 120 152 157 163 150 180 158 149 171 147 168 171 97 580 537 392 33 8 13 465 6 4 5 207 310 323 123 51 67 129 135 174 155 175 163 176 173 173 177 181 164 158 167 178 179 173 ]
T [ 132 178 130 114 158 135 146 124 145 149 145 154 151 148 161 77 341 7 8 159 39 570 10 56 6 81 484 114 101 122 48 121 137 144 180 141 133 155 160 125 150 170 138 141 145 166 148 154 132 147 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 0.02 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]
G [ 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.01 -0.01 0.00 -0.00 0.02 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 264

CWM

PFM

     

HCWM