Detailed information of deep learning profile BP001337.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZKSCAN3 in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZKSCAN3
Model ID: BP001337.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA1973.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q9BRR0  
Source: ENCSR199HGP
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.01 0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]
G [ 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 147 132 154 148 166 145 141 138 170 150 125 160 155 133 141 180 144 137 121 48 122 101 114 484 81 6 56 10 570 39 159 8 7 341 77 161 148 151 154 145 149 145 124 146 135 158 114 130 178 132 ]
C [ 173 179 178 167 158 164 181 177 173 173 176 163 175 155 174 135 129 67 51 123 323 310 207 5 4 6 465 13 8 33 392 537 580 97 171 168 147 171 149 158 180 150 163 157 152 120 151 169 160 151 ]
G [ 162 161 141 155 135 163 140 162 163 151 185 166 158 202 184 147 249 226 274 275 64 88 141 118 527 603 11 3 29 484 47 2 4 48 157 137 156 137 182 194 145 183 189 187 189 188 185 181 169 173 ]
T [ 138 148 147 150 161 148 158 143 114 146 134 131 132 130 121 158 98 190 174 174 111 121 158 13 8 5 88 594 13 64 22 73 29 134 215 154 169 161 135 123 146 142 144 130 144 154 170 140 113 164 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 0.02 -0.00 0.00 -0.01 -0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]
G [ 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 0.02 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 264

CWM

PFM

     

HCWM