Detailed information of deep learning profile BP001333.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for NFIX in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: NFIX
Model ID: BP001333.1
Cell line/tissue: K562
Class: SMAD/NF-1 DNA-binding domain factors
Family: Nuclear factor 1
JASPAR ID: MA1528.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q14938  
Source: ENCSR574VJG
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.09 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
C [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.00 0.00 -0.00 0.09 -0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.14 0.13 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
G [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.13 0.14 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 0.10 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
T [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 1312 1426 1348 1278 1215 1348 1433 1157 1266 1387 1184 1309 1402 1534 1162 1563 613 213 40 13 24 518 3062 957 1150 1071 1497 17 3 7 4483 3863 1342 1594 1349 1050 1187 1158 1289 1290 1151 1631 1275 1171 1239 1294 1406 1365 1287 1311 ]
C [ 1021 981 1094 1240 1332 1157 1017 965 1035 1094 1179 1142 1114 815 1024 776 1716 2881 16 7 1 4159 674 1625 1125 1007 195 23 4743 4736 235 58 875 778 1035 1384 1143 1207 1012 1196 1327 1031 1209 1050 1043 1234 1045 1204 976 1169 ]
G [ 1154 1049 1087 1043 1007 1000 1126 1177 1222 1100 1168 1191 1007 1339 1143 886 1102 91 137 4726 4724 60 153 1067 1093 1791 729 4433 3 5 12 772 1908 678 970 837 1072 995 1298 1049 1007 946 994 1038 1320 1002 1007 954 1093 985 ]
T [ 1274 1305 1232 1200 1207 1256 1185 1462 1238 1180 1230 1119 1238 1073 1432 1536 1330 1576 4568 15 12 24 872 1112 1393 892 2340 288 12 13 31 68 636 1711 1407 1490 1359 1401 1162 1226 1276 1153 1283 1502 1159 1231 1303 1238 1405 1296 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.01 0.01 0.02 -0.00 -0.04 -0.05 -0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.03 -0.04 -0.07 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 ]
C [ 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.04 -0.03 0.01 -0.08 0.10 -0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 -0.06 0.14 0.13 -0.01 -0.05 0.01 -0.01 0.01 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 -0.01 0.01 -0.05 -0.01 0.13 0.14 -0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 -0.01 0.11 -0.08 0.01 -0.03 0.04 0.01 -0.00 -0.00 0.00 ]
T [ 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 -0.07 -0.04 -0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 -0.03 -0.05 -0.04 -0.00 0.02 0.01 0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 2058

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 392

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 140

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 97

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_7

Num. of seqlets: 33

CWM

PFM

     

HCWM