Detailed information of deep learning profile BP001333.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for NFIX in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: NFIX
Model ID: BP001333.1
Cell line/tissue: K562
Class: SMAD/NF-1 DNA-binding domain factors
Family: Nuclear factor 1
JASPAR ID: MA1528.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q14938  
Source: ENCSR574VJG
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
C [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.10 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.14 0.13 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
G [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.13 0.14 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 0.09 -0.00 0.00 -0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
T [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 1296 1405 1238 1303 1231 1159 1502 1283 1153 1276 1226 1162 1401 1359 1490 1407 1711 636 68 31 13 12 288 2340 892 1393 1112 872 24 12 15 4568 1576 1330 1536 1432 1073 1238 1119 1230 1180 1238 1462 1185 1256 1207 1200 1232 1305 1274 ]
C [ 985 1093 954 1007 1002 1320 1038 994 946 1007 1049 1298 995 1072 837 970 678 1908 772 12 5 3 4433 729 1791 1093 1067 153 60 4724 4726 137 91 1102 886 1143 1339 1007 1191 1168 1100 1222 1177 1126 1000 1007 1043 1087 1049 1154 ]
G [ 1169 976 1204 1045 1234 1043 1050 1209 1031 1327 1196 1012 1207 1143 1384 1035 778 875 58 235 4736 4743 23 195 1007 1125 1625 674 4159 1 7 16 2881 1716 776 1024 815 1114 1142 1179 1094 1035 965 1017 1157 1332 1240 1094 981 1021 ]
T [ 1311 1287 1365 1406 1294 1239 1171 1275 1631 1151 1290 1289 1158 1187 1050 1349 1594 1342 3863 4483 7 3 17 1497 1071 1150 957 3062 518 24 13 40 213 613 1563 1162 1534 1402 1309 1184 1387 1266 1157 1433 1348 1215 1278 1348 1426 1312 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.01 0.01 0.02 -0.00 -0.04 -0.05 -0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.03 -0.04 -0.07 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 ]
C [ 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.04 -0.03 0.01 -0.08 0.11 -0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 -0.06 0.14 0.13 -0.01 -0.05 0.01 -0.01 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.01 -0.01 0.01 -0.05 -0.01 0.13 0.14 -0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 -0.01 0.10 -0.08 0.01 -0.03 0.04 0.01 -0.00 -0.00 0.00 ]
T [ 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 -0.07 -0.04 -0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 -0.03 -0.05 -0.04 -0.00 0.02 0.01 0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 2058

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 392

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 140

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 97

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_7

Num. of seqlets: 33

CWM

PFM

     

HCWM