Detailed information of deep learning profile BP001325.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for RFX3 in HepG2 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: RFX3
Model ID: BP001325.1
Cell line/tissue: HepG2
Class: Fork head/winged helix factors
Family: RFX-related factors
JASPAR ID: MA0798.3
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P48380  
Source: ENCSR633OVO
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.02 0.05 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.08 0.07 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.10 0.00 -0.00 0.05 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.08 0.07 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.09 0.05 -0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 805 749 818 735 757 753 748 817 823 706 749 665 672 705 639 622 401 423 38 2 168 436 22 9 2942 586 369 411 1097 1594 2666 367 850 832 741 938 953 922 761 786 786 839 791 867 763 737 791 810 830 765 ]
C [ 1029 1045 1079 1080 1042 1012 1023 1060 974 1079 1088 1046 1054 1103 1146 1166 1666 956 2 80 348 88 3366 2784 264 270 27 114 1243 385 363 2421 1255 803 1056 981 915 1035 1169 1035 1075 1076 1082 1034 1049 1086 1011 1102 1049 1177 ]
G [ 1124 1117 1049 1131 1112 1191 1100 1087 1108 1090 1082 1113 1136 1020 1040 1211 689 1240 3696 16 16 2787 17 9 213 660 3306 3163 693 1334 437 302 1030 1634 1211 1131 1157 1085 1040 1067 1127 1025 1039 1076 1056 1120 1174 1088 1139 1047 ]
T [ 790 837 802 802 837 792 877 784 843 873 829 924 886 920 923 749 992 1129 12 3650 3216 437 343 946 329 2232 46 60 715 435 282 658 613 479 740 698 723 706 778 860 760 808 836 771 880 805 772 748 730 759 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.02 0.01 -0.04 0.01 0.02 -0.05 -0.07 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 -0.02 -0.00 0.01 0.00 -0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 -0.04 -0.01 0.05 -0.01 0.09 0.09 -0.00 0.01 -0.03 -0.00 0.06 -0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 -0.05 0.06 -0.02 -0.03 -0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 -0.00 -0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 ]
T [ 0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.03 0.10 0.06 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04 -0.06 -0.04 0.01 0.00 -0.02 0.00 -0.01 -0.01 -0.01 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 590

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 192

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 155

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 112

CWM

PFM

     

HCWM