Detailed information of deep learning profile BP001325.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for RFX3 in HepG2 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: RFX3
Model ID: BP001325.1
Cell line/tissue: HepG2
Class: Fork head/winged helix factors
Family: RFX-related factors
JASPAR ID: MA0798.3
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P48380  
Source: ENCSR633OVO
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 -0.00 0.05 0.09 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.05 -0.00 0.00 0.10 0.00 -0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.07 0.08 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.05 0.02 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 759 730 748 772 805 880 771 836 808 760 860 778 706 723 698 740 479 613 658 282 435 715 60 46 2232 329 946 343 437 3216 3650 12 1129 992 749 923 920 886 924 829 873 843 784 877 792 837 802 802 837 790 ]
C [ 1047 1139 1088 1174 1120 1056 1076 1039 1025 1127 1067 1040 1085 1157 1131 1211 1634 1030 302 437 1334 693 3163 3306 660 213 9 17 2787 16 16 3696 1240 689 1211 1040 1020 1136 1113 1082 1090 1108 1087 1100 1191 1112 1131 1049 1117 1124 ]
G [ 1177 1049 1102 1011 1086 1049 1034 1082 1076 1075 1035 1169 1035 915 981 1056 803 1255 2421 363 385 1243 114 27 270 264 2784 3366 88 348 80 2 956 1666 1166 1146 1103 1054 1046 1088 1079 974 1060 1023 1012 1042 1080 1079 1045 1029 ]
T [ 765 830 810 791 737 763 867 791 839 786 786 761 922 953 938 741 832 850 367 2666 1594 1097 411 369 586 2942 9 22 436 168 2 38 423 401 622 639 705 672 665 749 706 823 817 748 753 757 735 818 749 805 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.00 -0.01 -0.01 -0.01 0.00 -0.02 0.00 0.01 -0.04 -0.06 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.06 0.10 -0.03 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.03 0.03 -0.02 -0.00 0.03 0.00 0.08 0.09 0.00 -0.00 -0.03 -0.02 0.06 -0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 -0.02 0.06 -0.00 -0.03 0.01 -0.00 0.09 0.09 -0.01 0.05 -0.01 -0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 ]
T [ -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.02 0.06 0.05 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 -0.07 -0.05 0.02 0.01 -0.04 0.01 -0.02 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 590

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 192

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 155

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 112

CWM

PFM

     

HCWM