Detailed information of deep learning profile BP001319.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for KLF10 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: KLF10
Model ID: BP001319.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: Three-zinc finger Kruppel-related
JASPAR ID: MA1511.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q13118  
Source: ENCSR006GAQ
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 -0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 72 55 72 53 70 54 73 49 49 49 45 66 55 47 38 21 102 26 46 0 0 0 46 17 43 24 13 69 20 27 3 1 2 62 32 64 41 46 51 51 52 53 45 53 61 55 51 57 55 70 ]
C [ 169 188 173 216 194 227 187 179 252 221 251 214 130 65 346 404 292 403 1 459 459 422 378 279 68 346 432 345 412 5 453 453 401 327 288 163 226 254 218 198 204 197 236 211 200 209 205 197 203 173 ]
G [ 143 159 151 136 133 125 142 169 107 115 101 128 206 296 35 8 62 22 395 0 0 1 9 63 240 48 1 42 14 389 3 3 2 23 51 122 117 108 119 152 145 131 124 142 139 120 147 135 144 139 ]
T [ 75 57 63 54 62 53 57 62 51 74 62 51 68 51 40 26 3 8 17 0 0 36 26 100 108 41 13 3 13 38 0 2 54 47 88 110 75 51 71 58 58 78 54 53 59 75 56 70 57 77 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.01 -0.01 0.00 -0.03 -0.02 -0.02 -0.00 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.01 -0.01 0.00 -0.03 -0.02 -0.02 0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.01 0.00 -0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 -0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 -0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 -0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 -0.00 -0.00 0.01 -0.01 0.03 -0.01 -0.01 -0.02 -0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.01 0.01 -0.01 0.02 -0.01 -0.01 -0.02 -0.01 -0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.03 -0.01 -0.01 -0.02 -0.02 0.01 -0.01 0.00 -0.01 -0.00 -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.01 -0.02 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 1679

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1248

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 989

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 150

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_8

Num. of seqlets: 21

CWM

PFM

     

HCWM