Detailed information of deep learning profile BP001319.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for KLF10 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: KLF10
Model ID: BP001319.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: Three-zinc finger Kruppel-related
JASPAR ID: MA1511.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q13118  
Source: ENCSR006GAQ
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 -0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 -0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
T [ 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 77 57 70 56 75 59 53 54 78 58 58 71 51 75 110 88 47 54 2 0 38 13 3 13 41 108 100 26 36 0 0 17 8 3 26 40 51 68 51 62 74 51 62 57 53 62 54 63 57 75 ]
C [ 139 144 135 147 120 139 142 124 131 145 152 119 108 117 122 51 23 2 3 3 389 14 42 1 48 240 63 9 1 0 0 395 22 62 8 35 296 206 128 101 115 107 169 142 125 133 136 151 159 143 ]
G [ 173 203 197 205 209 200 211 236 197 204 198 218 254 226 163 288 327 401 453 453 5 412 345 432 346 68 279 378 422 459 459 1 403 292 404 346 65 130 214 251 221 252 179 187 227 194 216 173 188 169 ]
T [ 70 55 57 51 55 61 53 45 53 52 51 51 46 41 64 32 62 2 1 3 27 20 69 13 24 43 17 46 0 0 0 46 26 102 21 38 47 55 66 45 49 49 49 73 54 70 53 72 55 72 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.02 -0.01 -0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.00 -0.01 0.00 -0.01 0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.01 -0.03 -0.01 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.01 -0.01 -0.02 -0.01 -0.01 0.02 -0.01 0.01 -0.01 -0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.02 -0.01 -0.01 0.03 -0.01 0.01 -0.00 -0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 -0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 -0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 -0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 -0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 0.00 -0.02 -0.02 -0.03 0.00 -0.01 0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.02 -0.02 -0.03 0.00 -0.01 0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 1679

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1248

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 989

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 150

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_8

Num. of seqlets: 21

CWM

PFM

     

HCWM