Detailed information of deep learning profile BP001313.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF329 in HepG2 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF329
Model ID: BP001313.1
Cell line/tissue: HepG2
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0320.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q86UD4  
Source: ENCSR681KXT
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.07 -0.00 -0.00 0.01 0.04 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.05 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ -0.00 0.02 -0.00 0.02 0.07 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.06 0.01 0.00 -0.00 0.10 0.03 -0.00 -0.00 -0.00 0.10 0.10 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 ]
G [ 0.02 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.03 0.11 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.02 -0.00 0.00 0.00 0.12 -0.00 -0.00 0.02 0.00 -0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.06 0.00 -0.00 0.00 0.05 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 0.09 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 498 328 522 289 266 352 261 208 170 197 693 292 181 369 58 28 51 162 25 1184 66 94 413 1008 235 26 78 576 129 435 10 1 13 25 1036 1011 217 71 141 376 401 254 274 236 273 303 213 229 234 239 ]
C [ 243 427 308 319 398 297 301 317 237 256 111 119 730 337 882 1239 202 10 10 12 39 1071 723 143 136 1243 766 158 179 52 1274 1290 7 4 225 81 138 764 782 463 241 597 511 524 376 415 485 463 444 418 ]
G [ 347 260 267 261 241 371 266 240 261 639 307 769 174 253 270 15 5 865 1266 53 230 87 70 76 871 4 33 380 164 591 5 2 9 1278 24 84 853 233 45 266 377 134 200 162 212 256 252 251 248 263 ]
T [ 222 295 213 441 405 290 482 545 642 218 199 130 225 351 100 28 1052 273 9 61 975 58 104 83 68 37 433 196 838 232 21 17 1281 3 25 134 102 242 342 205 291 325 325 388 449 336 360 367 384 390 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.01 0.01 -0.01 -0.02 -0.03 0.00 -0.03 0.08 -0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 -0.00 -0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 -0.05 -0.05 -0.02 0.05 0.03 0.00 -0.04 -0.01 -0.02 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 ]
C [ 0.01 0.01 0.01 -0.00 0.04 -0.01 0.03 0.07 0.03 -0.04 -0.02 -0.05 -0.04 0.07 0.02 0.04 0.02 0.10 0.06 0.01 0.01 -0.03 0.10 0.11 -0.00 -0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 -0.01 -0.04 0.05 0.12 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 -0.04 -0.00 0.04 0.02 0.05 -0.04 0.01 0.01 0.12 -0.05 -0.02 0.03 0.02 -0.02 0.02 0.01 -0.00 0.01 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.02 -0.00 -0.04 -0.02 0.07 0.03 -0.02 0.01 0.06 -0.02 -0.02 -0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 -0.02 -0.01 0.09 -0.03 -0.03 0.01 -0.01 0.02 0.00 -0.01 0.00 -0.00 0.00 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1163

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 976

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 767

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_5

Num. of seqlets: 236

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 226

CWM

PFM

     

HCWM