Detailed information of deep learning profile BP001313.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF329 in HepG2 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF329
Model ID: BP001313.1
Cell line/tissue: HepG2
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0320.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q86UD4  
Source: ENCSR681KXT
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.09 -0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.05 0.00 -0.00 0.00 0.06 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ -0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.00 0.12 0.00 0.00 -0.00 0.02 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.11 0.03 -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.02 ]
G [ 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.10 0.10 -0.00 -0.00 -0.00 0.03 0.10 -0.00 0.00 0.01 0.06 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.07 0.02 -0.00 0.02 -0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.05 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.04 0.01 -0.00 -0.00 0.07 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 390 384 367 360 336 449 388 325 325 291 205 342 242 102 134 25 3 1281 17 21 232 838 196 433 37 68 83 104 58 975 61 9 273 1052 28 100 351 225 130 199 218 642 545 482 290 405 441 213 295 222 ]
C [ 263 248 251 252 256 212 162 200 134 377 266 45 233 853 84 24 1278 9 2 5 591 164 380 33 4 871 76 70 87 230 53 1266 865 5 15 270 253 174 769 307 639 261 240 266 371 241 261 267 260 347 ]
G [ 418 444 463 485 415 376 524 511 597 241 463 782 764 138 81 225 4 7 1290 1274 52 179 158 766 1243 136 143 723 1071 39 12 10 10 202 1239 882 337 730 119 111 256 237 317 301 297 398 319 308 427 243 ]
T [ 239 234 229 213 303 273 236 274 254 401 376 141 71 217 1011 1036 25 13 1 10 435 129 576 78 26 235 1008 413 94 66 1184 25 162 51 28 58 369 181 292 693 197 170 208 261 352 266 289 522 328 498 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.01 0.00 0.02 -0.01 0.01 -0.03 -0.03 0.09 -0.01 -0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 -0.01 -0.02 -0.02 0.06 0.01 -0.02 0.03 0.07 -0.02 -0.04 -0.00 -0.02 -0.01 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.02 -0.02 0.02 0.03 -0.02 -0.05 0.12 0.01 0.01 -0.04 0.05 0.02 0.04 -0.00 -0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.12 0.05 -0.04 -0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 -0.02 -0.00 0.11 0.10 -0.03 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.04 0.02 0.07 -0.04 -0.05 -0.02 -0.04 0.03 0.07 0.03 -0.01 0.04 -0.00 0.01 0.01 0.01 ]
T [ -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 -0.02 -0.01 -0.04 0.00 0.03 0.05 -0.02 -0.05 -0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 -0.02 -0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 -0.01 0.08 -0.03 0.00 -0.03 -0.02 -0.01 0.01 -0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1163

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 976

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 767

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_5

Num. of seqlets: 236

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 226

CWM

PFM

     

HCWM