Detailed information of deep learning profile BP001309.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF16 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF16
Model ID: BP001309.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA1654.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: P17020  
Source: ENCSR093HXE
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.05 0.00 -0.00 -0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
G [ -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 ]
T [ -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.01 -0.00 0.01 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 46 26 8 30 7 3 6 63 7 5 2 57 7 11 8 35 41 5 16 13 5 9 7 15 0 72 0 3 44 38 12 33 2 43 23 11 12 32 15 34 19 15 20 24 14 32 12 35 11 18 ]
C [ 16 20 10 6 0 4 4 2 0 58 62 9 21 7 4 6 4 4 2 7 9 23 5 0 1 0 0 46 4 2 4 1 0 23 3 3 9 19 38 12 10 11 16 11 24 5 5 8 16 10 ]
G [ 8 27 20 25 62 60 61 9 63 11 1 5 7 37 54 28 23 57 55 13 22 10 14 29 74 1 74 19 21 33 53 36 71 4 49 33 44 13 10 19 30 43 31 13 30 17 46 18 25 27 ]
T [ 5 2 37 14 6 8 4 1 5 1 10 4 40 20 9 6 7 9 2 42 39 33 49 31 0 2 1 7 6 2 6 5 2 5 0 28 10 11 12 10 16 6 8 27 7 21 12 14 23 20 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.02 0.02 0.00 0.01 -0.00 -0.01 -0.01 0.05 0.01 -0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.00 0.00 -0.01 0.00 -0.00 0.02 -0.02 0.05 0.03 -0.00 0.02 -0.01 -0.01 0.02 -0.01 -0.00 -0.01 0.02 0.00 0.02 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 -0.01 0.05 -0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 -0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 ]
T [ -0.01 -0.01 0.02 0.02 -0.01 0.00 -0.01 -0.02 -0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 -0.00 0.01 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 1534

CWM

PFM

     

HCWM