Detailed information of deep learning profile BP001306.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF574 in MCF-7 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF574
Model ID: BP001306.1
Cell line/tissue: MCF-7
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: Factors with multiple dispersed zinc fingers
JASPAR ID: MA1982.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q6ZN55  
Source: ENCSR402JAC
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.05 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 -0.00 0.05 -0.00 0.04 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 -0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 ]
T [ -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.06 -0.00 0.06 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 101 129 115 120 111 117 102 98 114 144 135 109 116 126 165 104 63 63 58 138 18 58 21 2 59 2 496 9 47 153 93 109 82 110 111 91 135 115 100 109 107 100 124 117 103 88 131 113 105 124 ]
C [ 246 241 244 235 230 244 226 223 243 238 265 243 219 227 250 202 204 168 52 335 619 82 635 14 577 3 47 34 263 331 249 236 326 244 203 195 193 209 234 203 249 250 228 202 229 241 218 232 231 226 ]
G [ 232 198 210 206 206 219 224 251 228 193 187 222 220 206 166 294 335 351 480 154 36 316 16 23 52 14 135 578 311 125 177 219 189 217 275 282 259 241 242 241 195 175 192 230 222 208 198 207 206 205 ]
T [ 117 128 127 135 149 116 144 124 111 121 109 122 141 137 115 96 94 114 106 69 23 240 24 657 8 677 18 75 75 87 177 132 99 125 107 128 109 131 120 143 145 171 152 147 142 159 149 144 154 141 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 0.01 -0.03 -0.02 -0.01 -0.05 0.03 -0.06 0.05 -0.05 -0.02 -0.01 -0.02 -0.00 -0.02 ]
C [ 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.03 0.01 0.05 -0.02 0.05 -0.03 0.04 -0.04 0.00 -0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 ]
G [ 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 -0.00 -0.01 0.03 -0.02 0.01 -0.03 0.03 -0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 ]
T [ -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.02 0.00 -0.02 -0.03 0.00 -0.03 0.06 -0.05 0.06 -0.05 0.00 -0.01 -0.02 0.00 -0.01 -0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 460

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 285

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 269

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_5

Num. of seqlets: 217

CWM

PFM

     

HCWM