Detailed information of deep learning profile BP001306.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF574 in MCF-7 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF574
Model ID: BP001306.1
Cell line/tissue: MCF-7
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: Factors with multiple dispersed zinc fingers
JASPAR ID: MA1982.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q6ZN55  
Source: ENCSR402JAC
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.06 -0.00 0.06 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 -0.00 0.04 -0.00 0.05 -0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.05 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 141 154 144 149 159 142 147 152 171 145 143 120 131 109 128 107 125 99 132 177 87 75 75 18 677 8 657 24 240 23 69 106 114 94 96 115 137 141 122 109 121 111 124 144 116 149 135 127 128 117 ]
C [ 205 206 207 198 208 222 230 192 175 195 241 242 241 259 282 275 217 189 219 177 125 311 578 135 14 52 23 16 316 36 154 480 351 335 294 166 206 220 222 187 193 228 251 224 219 206 206 210 198 232 ]
G [ 226 231 232 218 241 229 202 228 250 249 203 234 209 193 195 203 244 326 236 249 331 263 34 47 3 577 14 635 82 619 335 52 168 204 202 250 227 219 243 265 238 243 223 226 244 230 235 244 241 246 ]
T [ 124 105 113 131 88 103 117 124 100 107 109 100 115 135 91 111 110 82 109 93 153 47 9 496 2 59 2 21 58 18 138 58 63 63 104 165 126 116 109 135 144 114 98 102 117 111 120 115 129 101 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.01 -0.01 0.00 -0.02 -0.01 0.00 -0.05 0.06 -0.05 0.06 -0.03 0.00 -0.03 -0.02 0.00 -0.02 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 ]
C [ 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 -0.01 0.03 -0.03 0.01 -0.02 0.03 -0.01 -0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 ]
G [ 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.02 0.00 -0.04 0.04 -0.03 0.05 -0.02 0.05 0.01 -0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 ]
T [ -0.02 -0.00 -0.02 -0.01 -0.02 -0.05 0.05 -0.06 0.03 -0.05 -0.01 -0.02 -0.03 0.01 -0.02 -0.02 -0.02 -0.02 -0.01 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 460

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 285

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 269

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_5

Num. of seqlets: 217

CWM

PFM

     

HCWM