Detailed information of deep learning profile BP001298.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF548 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF548
Model ID: BP001298.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0333.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q8NEK5  
Source: ENCSR892ZTO
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 -0.00 0.00 0.04 0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.00 0.03 0.01 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 ]
G [ -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 -0.00 0.00 0.03 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 ]
T [ 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 487 228 182 115 99 123 166 509 227 412 577 204 611 707 588 121 55 637 465 125 16 5 27 91 4 347 111 462 145 797 3 109 109 60 123 608 73 82 74 53 94 144 574 80 91 52 88 139 577 99 ]
C [ 190 179 288 561 589 262 563 205 228 225 128 125 119 112 249 660 683 152 84 797 946 993 23 41 1004 210 10 331 771 52 976 747 129 155 194 138 235 583 152 171 85 152 209 696 182 218 696 555 144 206 ]
G [ 238 510 421 146 138 116 127 200 473 295 216 628 232 100 84 93 90 123 358 47 36 12 13 880 6 48 890 193 10 115 15 23 95 115 624 146 103 93 99 161 717 618 110 84 81 85 95 109 190 608 ]
T [ 105 103 129 198 194 519 164 106 92 88 99 63 58 101 99 146 192 108 113 51 22 10 957 8 6 415 9 34 94 56 26 141 687 690 79 128 609 262 695 635 124 106 127 160 666 665 141 217 109 107 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 0.01 -0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 -0.01 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 0.00 0.01 -0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 -0.01 0.04 0.01 -0.01 0.02 0.02 -0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 -0.00 0.01 ]
G [ 0.00 0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.01 0.01 -0.01 0.02 -0.00 0.01 0.04 0.00 -0.02 0.01 -0.00 0.00 0.01 -0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.00 -0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 ]
T [ 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.01 0.03 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 -0.01 -0.00 0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 1070

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 106

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 105

CWM

PFM

     

HCWM