Detailed information of deep learning profile BP001298.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF548 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF548
Model ID: BP001298.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: UN0333.2
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q8NEK5  
Source: ENCSR892ZTO
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.01 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
C [ 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.03 0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.03 -0.00 0.02 0.00 -0.00 0.00 0.04 0.00 -0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 ]
T [ -0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 107 109 217 141 665 666 160 127 106 124 635 695 262 609 128 79 690 687 141 26 56 94 34 9 415 6 8 957 10 22 51 113 108 192 146 99 101 58 63 99 88 92 106 164 519 194 198 129 103 105 ]
C [ 608 190 109 95 85 81 84 110 618 717 161 99 93 103 146 624 115 95 23 15 115 10 193 890 48 6 880 13 12 36 47 358 123 90 93 84 100 232 628 216 295 473 200 127 116 138 146 421 510 238 ]
G [ 206 144 555 696 218 182 696 209 152 85 171 152 583 235 138 194 155 129 747 976 52 771 331 10 210 1004 41 23 993 946 797 84 152 683 660 249 112 119 125 128 225 228 205 563 262 589 561 288 179 190 ]
T [ 99 577 139 88 52 91 80 574 144 94 53 74 82 73 608 123 60 109 109 3 797 145 462 111 347 4 91 27 5 16 125 465 637 55 121 588 707 611 204 577 412 227 509 166 123 99 115 182 228 487 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.01 -0.01 -0.00 0.02 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 0.00 -0.00 -0.01 0.00 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 0.03 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 ]
C [ 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 -0.01 -0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 -0.00 0.01 0.00 -0.00 0.01 -0.02 0.00 0.04 0.01 -0.00 0.02 -0.01 0.01 0.01 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 ]
G [ 0.01 -0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 -0.01 0.02 0.02 -0.01 0.01 0.04 -0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 ]
T [ -0.00 0.01 0.00 -0.01 -0.01 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.01 -0.01 0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 -0.01 0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 1070

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 106

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 105

CWM

PFM

     

HCWM