Detailed information of deep learning profile BP001276.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for THAP1 in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: THAP1
Model ID: BP001276.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2CH THAP-type zinc finger factors
Family: THAP-related factors
JASPAR ID: MA0597.3
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q9NVV9  
Source: ENCSR000BNN
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.09 0.11 0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 -0.00 0.09 -0.00 -0.00 0.00 0.00 0.00 ]
G [ 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.00 0.01 0.01 -0.00 0.00 0.01 -0.00 0.05 0.13 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 ]
T [ 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.07 -0.00 0.06 0.07 0.01 -0.00 0.00 0.04 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 101 91 110 82 119 111 81 69 69 68 70 79 41 47 83 36 19 5 407 19 36 39 18 53 138 139 68 133 143 9 3 12 43 294 145 155 136 91 86 95 88 80 94 78 81 90 78 76 98 93 ]
C [ 120 141 118 109 150 141 139 199 164 132 171 136 77 249 233 16 410 443 31 15 227 32 48 40 50 90 31 97 168 21 9 18 364 31 61 110 93 117 157 158 135 137 125 150 140 135 132 132 133 135 ]
G [ 159 157 128 195 108 125 179 106 127 171 99 149 292 83 88 359 10 4 10 19 116 26 9 201 227 87 77 158 37 307 439 407 18 94 212 126 137 179 132 128 130 128 134 120 131 137 146 159 137 141 ]
T [ 74 65 98 68 77 77 55 80 94 83 114 90 44 75 50 43 15 2 6 401 75 357 379 160 39 138 278 66 106 117 3 17 29 35 36 63 88 67 79 73 101 109 101 106 102 92 98 87 86 85 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.01 -0.03 -0.03 -0.02 -0.02 -0.03 -0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 -0.08 -0.11 -0.06 -0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 -0.02 ]
C [ 0.01 -0.01 0.04 0.04 -0.06 0.09 0.11 -0.00 -0.03 0.03 -0.03 0.01 -0.02 -0.02 -0.01 -0.04 -0.00 0.06 -0.03 0.02 -0.03 0.10 -0.02 -0.01 0.01 0.01 0.01 ]
G [ 0.00 0.04 -0.00 -0.01 0.09 -0.03 -0.04 -0.01 -0.03 0.01 -0.02 -0.06 0.02 0.02 -0.01 -0.00 0.03 -0.07 0.07 0.13 0.11 -0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 ]
T [ -0.00 -0.00 -0.01 -0.02 -0.03 -0.03 -0.05 -0.06 0.07 -0.01 0.06 0.08 0.02 -0.02 0.02 0.06 -0.01 0.01 0.04 -0.07 -0.03 -0.02 -0.04 -0.03 -0.01 -0.00 -0.01 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_0

Num. of seqlets: 843

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 706

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 67

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_8

Num. of seqlets: 31

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_9

Num. of seqlets: 27

CWM

PFM

     

HCWM