Detailed information of deep learning profile BP001264.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for CTCFL in K562 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: CTCFL
Model ID: BP001264.1
Cell line/tissue: K562
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA1102.3
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q8NI51  
Source: ENCSR000BNK
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ 0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
C [ 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.10 0.05 0.06 0.10 0.00 -0.00 0.00 0.01 -0.00 -0.00 0.01 0.00 0.00 -0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.01 0.02 -0.00 0.06 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 ]
T [ -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.04 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 2743 2827 2730 2914 2893 2849 2786 2722 2875 2851 2768 2514 2690 2510 3172 4177 1954 4415 1593 912 592 706 177 2585 142 23 778 4098 268 2436 118 458 2750 2101 3370 3038 3442 3148 2648 2748 2988 2508 3363 4284 3338 2649 2791 2867 2982 2834 ]
C [ 4573 4482 4561 4535 4434 4638 4673 4720 4541 3996 3546 4148 4461 5714 4272 4314 4579 2021 3651 9083 467 12918 14176 10337 10979 14590 1270 1366 5188 3931 188 1077 6243 5487 3643 4296 3754 4024 4061 3777 3138 2846 4641 4194 4577 4526 3737 4670 4890 4565 ]
G [ 4504 4489 4401 4319 4193 4253 4275 4540 4073 4905 5456 5156 4821 4031 3661 3961 4184 6018 8254 1351 11759 729 222 797 151 32 575 6963 8143 1237 14020 12297 2535 4148 5582 4708 4826 4886 5236 5392 6172 7198 4012 3941 3787 3893 5243 4556 4079 4399 ]
T [ 2870 2892 2998 2922 3170 2950 2956 2708 3201 2938 2920 2872 2718 2435 3585 2238 3973 2236 1192 3344 1872 337 115 971 3418 45 12067 2263 1091 7086 364 858 3162 2954 2095 2648 2668 2632 2745 2773 2392 2138 2674 2271 2988 3622 2919 2597 2739 2892 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.01 -0.01 0.01 -0.00 -0.03 -0.03 -0.01 -0.03 -0.00 -0.05 -0.03 -0.01 0.04 -0.04 -0.01 -0.05 -0.04 -0.00 -0.02 -0.01 0.00 0.00 0.00 ]
C [ 0.00 0.01 -0.01 0.01 0.07 -0.01 0.08 0.10 0.06 0.08 0.10 0.02 -0.01 0.02 0.04 -0.02 -0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 ]
G [ 0.01 0.01 0.02 0.03 -0.01 0.07 -0.02 -0.02 0.00 -0.04 -0.01 -0.01 0.03 0.06 0.01 0.10 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 ]
T [ -0.01 0.01 0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.04 -0.05 -0.04 0.02 -0.04 0.05 0.00 -0.00 0.00 -0.03 -0.01 -0.00 -0.01 -0.01 -0.01 -0.01 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 1841

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_2

Num. of seqlets: 1158

CWM

PFM

     

HCWM