Detailed information of deep learning profile BP001235.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF558 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF558
Model ID: BP001235.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA2335.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q96NG5  
Source: ENCSR447ZTA
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 0.00 -0.00 -0.01 0.07 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.03 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 -0.00 0.06 -0.00 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.07 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 ]
C [ -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.14 0.00 -0.00 -0.00 0.07 -0.00 -0.00 0.02 0.00 0.00 ]
G [ -0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 -0.00 -0.01 0.00 0.10 -0.00 0.03 0.05 0.00 -0.00 0.00 -0.01 0.01 -0.00 0.03 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 ]
T [ 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.03 0.00 0.07 -0.00 0.03 -0.00 0.00 -0.00 0.03 0.01 0.00 -0.00 0.04 -0.00 0.03 -0.00 0.05 0.03 0.02 -0.00 -0.00 0.02 0.01 -0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 319 380 774 625 405 276 452 207 230 276 325 499 1601 32 376 58 140 130 796 218 1137 141 156 188 1311 268 357 88 7 16 116 178 210 1765 222 73 1186 781 593 351 225 303 391 411 850 925 910 668 335 297 ]
C [ 250 243 194 181 695 221 196 862 320 54 81 163 63 347 758 22 16 179 92 46 164 110 151 742 38 52 82 461 1875 241 96 187 1531 24 169 992 197 252 225 226 294 199 191 190 196 193 364 198 210 249 ]
G [ 378 720 325 770 356 162 164 139 122 474 1212 768 175 33 343 4 1609 120 980 1206 285 147 201 328 524 69 1108 30 4 2 448 157 53 42 216 90 172 334 387 202 207 474 807 768 504 449 248 436 398 363 ]
T [ 942 546 596 313 433 1230 1077 681 1217 1085 271 459 50 1477 412 1805 124 1460 21 419 303 1491 1381 631 16 1500 342 1310 3 1630 1229 1367 95 58 1282 734 334 522 684 1110 1163 913 500 520 339 322 367 587 946 980 ]

Hypothetical CWM

   
A [ -0.00 -0.00 0.01 0.00 -0.02 0.08 -0.03 0.02 -0.02 0.03 -0.02 0.08 -0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.09 -0.01 0.05 -0.00 0.02 -0.06 0.01 -0.01 0.03 0.08 0.01 -0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 ]
C [ 0.01 -0.01 -0.00 -0.00 0.01 -0.01 0.05 0.03 0.01 -0.07 0.06 0.06 -0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.14 0.06 0.01 0.02 0.08 -0.02 -0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 ]
G [ 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.03 -0.02 -0.02 -0.04 0.12 0.02 0.08 0.09 0.04 0.03 0.04 -0.00 0.08 0.02 0.06 -0.03 0.00 -0.01 0.01 0.02 -0.00 0.02 0.02 -0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 ]
T [ 0.01 0.03 0.00 -0.01 0.01 -0.04 0.04 0.03 0.07 -0.00 0.04 -0.07 0.03 -0.00 0.04 0.02 0.02 -0.05 0.05 -0.00 0.05 -0.04 0.06 0.04 0.03 -0.03 -0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 2293

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 1807

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 653

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_5

Num. of seqlets: 270

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 239

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_8

Num. of seqlets: 113

CWM

PFM

     

HCWM