Detailed information of deep learning profile BP001235.1

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This page shows detailed deep learning-derived predictions and motifs for ZNF558 in HEK293 using a single trained BPNet model.

Model details

Name: ZNF558
Model ID: BP001235.1
Cell line/tissue: HEK293
Class: C2H2 zinc finger factors
Family: More than 3 adjacent zinc fingers
JASPAR ID: MA2335.1
Taxon: Vertebrates
Species: Homo sapiens
Data Type: ChIP-seq
Uniprot ID: Q96NG5  
Source: ENCSR447ZTA
Model: BPNet
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Contribution weight matrix (CWM)

 
A [ -0.00 -0.00 0.01 0.02 -0.00 -0.00 0.02 0.03 0.05 -0.00 0.03 -0.00 0.04 -0.00 0.00 0.01 0.03 -0.00 0.00 -0.00 0.03 -0.00 0.07 0.00 0.03 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 ]
C [ 0.00 0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 0.01 -0.01 0.00 -0.00 0.00 0.05 0.03 -0.00 0.10 0.00 -0.01 -0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 -0.00 ]
G [ 0.00 0.00 0.02 -0.00 -0.00 0.07 -0.00 -0.00 0.00 0.14 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 0.02 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 ]
T [ -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.07 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.01 -0.00 0.06 -0.00 -0.00 -0.00 0.03 -0.00 0.03 -0.00 0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.07 -0.01 -0.00 0.00 -0.00 ]

Frequency matrix

       
A [ 980 946 587 367 322 339 520 500 913 1163 1110 684 522 334 734 1282 58 95 1367 1229 1630 3 1310 342 1500 16 631 1381 1491 303 419 21 1460 124 1805 412 1477 50 459 271 1085 1217 681 1077 1230 433 313 596 546 942 ]
C [ 363 398 436 248 449 504 768 807 474 207 202 387 334 172 90 216 42 53 157 448 2 4 30 1108 69 524 328 201 147 285 1206 980 120 1609 4 343 33 175 768 1212 474 122 139 164 162 356 770 325 720 378 ]
G [ 249 210 198 364 193 196 190 191 199 294 226 225 252 197 992 169 24 1531 187 96 241 1875 461 82 52 38 742 151 110 164 46 92 179 16 22 758 347 63 163 81 54 320 862 196 221 695 181 194 243 250 ]
T [ 297 335 668 910 925 850 411 391 303 225 351 593 781 1186 73 222 1765 210 178 116 16 7 88 357 268 1311 188 156 141 1137 218 796 130 140 58 376 32 1601 499 325 276 230 207 452 276 405 625 774 380 319 ]

Hypothetical CWM

   
A [ 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 -0.02 -0.03 0.03 0.04 0.06 -0.04 0.05 -0.00 0.05 -0.05 0.02 0.02 0.04 -0.00 0.03 -0.07 0.04 -0.00 0.07 0.03 0.04 -0.04 0.01 -0.01 0.00 0.03 0.01 ]
C [ 0.01 0.01 0.02 0.02 -0.01 0.02 0.02 -0.00 0.02 0.01 -0.01 0.00 -0.03 0.06 0.02 0.08 -0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.08 0.02 0.12 -0.04 -0.02 -0.02 0.03 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 ]
G [ 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 -0.02 -0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.14 0.06 0.02 0.03 0.00 0.07 0.03 0.02 0.01 -0.02 0.06 0.06 -0.07 0.01 0.03 0.05 -0.01 0.01 -0.00 -0.00 -0.01 0.01 ]
T [ 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.04 0.01 0.08 0.03 -0.01 0.01 -0.06 0.02 -0.00 0.05 -0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.07 -0.02 0.08 -0.02 0.03 -0.02 0.02 -0.03 0.08 -0.02 0.00 0.01 -0.00 -0.00 ]

Other motifs identified by TF-MoDISco

 

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_1

Num. of seqlets: 2293

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_3

Num. of seqlets: 1807

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_4

Num. of seqlets: 653

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_5

Num. of seqlets: 270

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_6

Num. of seqlets: 239

CWM

PFM

     

HCWM

Motif name: counts.pos_patterns.pattern_8

Num. of seqlets: 113

CWM

PFM

     

HCWM